L'histoire de Medieval II : Total War se passe entre 1080 et 1503, l'une des périodes les plus bouleversantes de l'histoire européenne. Le jeu vous emmène dans une ère turbulente de combats religieux, de furieux conflits et de manigances politiques. La guerre fait rage dans toute l'Europe, s’étend au Moyen-Orient et même dans le Nouveau Monde, où vous rencontrerez les étranges Aztèques.