Vous revoilà enfin, Commandant. Nous sommes en 2047, et la situation ne fait que de se dégrader. Le GDI, alliance mondiale des nations les plus avancées en haute technologie, se bat pour stopper le tiberium, mais Kane, le chef excentrique du NOD, a d'autres projets d’avenir pour la planète. La société secrète de Kane, devenue une superpuissance, compte utiliser le tiberium pour exterminer l'humanité et lui imposer sa vision démoniaque de l’avenir. Désormais, c'est la guerre totale pour le tiberium qui va décider de l’avenir de la Terre.