Quatre ans se sont écoulés depuis la fin de l’aventure racontée dans L'Ile au trésor. Les héros ont évolué et des nouveaux personnages sont venus s’ajouter à ceux créés par R.L. Stevenson. Les joies du voyage ont eu raison de Jim Hawkins : le voilà de nouveau en mer où il coule des jours heureux. Quant à Long John Silver, depuis ses problèmes avec la justice, plus personne n’a entendu parler de lui. Jusqu’au jour où le Capitaine Flint, son fidèle perroquet, vient donner à Jim le testament de son maître : le vieux Long John lui lègue un immense trésor caché sur l’île d’Émeraude. Prêt à vivre de nouvelles aventures, Jim se met en quête du trésor et comme dans le roman, plusieurs évènements viendront le surprendre.